负责水路建设和运输市场监管工作，拟订水路工程建设、维护、运营和水路运输、航政、港政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责国家重点水路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；负责港口、航道及设施、通航建筑物、引航管理工作；负责船舶代理、理货、港口设施保安、无船承运、船舶交易等管理工作；负责国际和国境河流运输及航道管理工作；负责起草水路有关规费政策并监督实施；负责对台运输管理工作；负责组织协调国家重点物资运输和紧急客货水路运输；负责起草港口安全生产政策和应急预案，组织实施应急处置工作。